Het verblijf in de derde klasse van de K.N.V.B. duurde niet minder dan elf jaar. Niet omdat de Vogels voor promotie niet sterk genoeg waren, maar om een andere reden. Op het moment dat men zijn intrede in die klasse deed, waren er nog geen hogere afdelingen en een kampioenschap in de derde klasse betekende dan ook dat men mee mocht doen aan de strijd om de zaterdagtitel. Dat gebeurde driemaal met succes, maar daarna werd er in West 2 een tweede klasse ingesteld en de kampioen daarvan werd automatisch landskampioen. Het leidde tot vaak heftige emoties en de frustraties waren talrijk. Niet alleen trouwens bij IJsselmeervogels, ook een club als WHC uit Wezep werd daardoor gedupeerd. Pas na het seizoen 1959 – 1960 kwam er ook in West 1 een tweede klasse en uiteraard zat IJsselmeervogels daar meteen bij.
In de derde klasse werd vanaf het begin een goed figuur geslagen. In het seizoen 1949 – 1950 moest men weliswaar in Huizen zijn meerdere erkennen, maar het verschil met de kampioen was slechts één punt.
De stand bovenaan de ranglijst:
| Huizen | 14 | 12 | 1 | 1 | 25 | 40-20 |
| IJsselmeervogels | 14 | 11 | 2 | 1 | 24 | 33-9 |
IJsselmeervogels 1950
Opmerkelijk was het geringe aantal tegendoelpunten, een bewijs van de kracht van de rood-witte verdediging. Het elftal bestond in die tijd uit Jaap v/d Vuurst, Peter Koelewijn, Jaap Koelewijn, Henk de Graaf, Kees Ruizendaal, Frans Heinen, Arian v/d Groep, Zeger v/d Groep, Peter v/d Hoogen, Jan Hopman en Cees Bos.
C.S.V. Dindua en De Geuzen eindigden beiden met vijf punten op de laatste plaats. Een beslissingswedstrijd moest gespeeld worden om uit te maken, wie er degraderen zou. Het doek viel voor De Geuzen. Daar stond tegenover, dat Spakenburg (eerst Windvogels geheten), dat een jaar eerder de boot gemist had, zich weer bij de oude rivalen voegde. De volgende competities werden daardoor veel aantrekkelijker. Het seizoen 1950 – 1951 bracht nieuwe successen voor Huizen, ditmaal moest IJsselmeervogels met een derde plaats genoegen nemen.
De eindstand:
| Huizen | 14 | 8 | 5 | 1 | 21 | 41-20 |
| Spakenburg | 14 | 7 | 3 | 4 | 17 | 33-23 |
| IJsselmeervogels | 14 | 7 | 2 | 5 | 16 | 38-25 |
1951 – 1952
Een Spannende competitie voor de voetbalminnende plaatsgenoten, met een nek-aan-nek-race tussen IJsselmeervogels en Spakenburg. Met één punt voorsprong werd Spakenburg kampioen en enkele weken later zelfs algemeen zaterdagkampioen. Dat het dorp Spakenburg in het zaterdagvoetbal altijd een toonaangevende rol gespeeld heeft, is voor een groot deel te danken aan de rivaliteit tussen de beide plaatselijke clubs, die niet graag voor elkaar onder wilden doen. IJsselmeervogels kwam ditmaal net iets te kort, maar enkele jaren later werd op ondubbelzinnige wijze revanche genomen.
De stand:
| Spakenburg | 16 | 14 | 1 | 1 | 29 | 66-15 |
| IJsselmeervogels | 16 | 13 | 2 | 1 | 28 | 43-12 |
1952 – 1953
Nog één keer sloeg Huizen toe. IJsselmeervogels toonde zich weliswaar een schotvaardige ploeg, maar de achterstand op kampioen Huizen was te groot.
De stand:
| Huizen | 18 | 15 | 1 | 2 | 31 | 57-19 |
| Spakenburg | 18 | 13 | 2 | 3 | 28 | 63-34 |
| IJsselmeervogels | 18 | 10 | 3 | 3 | 23 | 60-32 |